وبسبب زيادة كمية ونوعية الملوثات التي تتعرض لها التربة، فقد أصبحت معظم
المياه الجوفية تتطلب عمليات معالجة فيزيائية وكيميائية متقدمة وباهظة التكاليف، تختلف كثيراً عن المعالجة التقليدية لمياه الأنهار والآبار النقية، والتي تتم بإضافة الكلور لتطهير
المياه ثم ضخها إلى شبكة التوزيع، إذ تحتاج غالبية
المياه الجوفية إلى معالجة لإزالة بعض الغازات الذائبة مثل ثاني أكسيد الكربون وكبريتيد الهيدروجين، أو لإزالة بعض المعادن مثل الحديد والمنجنيز والمعادن المسببة لعسر الماء، وتتم إزالة الغازات الذائبة باستخدام عملية التهوية. أما إزالة المعادن كالحديد والمنجنيز فتتم بكفاءة عبر عمليات الأكسدة الكيمائية باستخدام الكلور أو برمنجنات البوتاسيوم.